Alcuni ritrovamenti preistorici nel territorio, attestano la presenza umana sin da tempi molto remoti, infatti sono state rinvenute diverse necropoli, come quella di Ossena-S. Leo, da dividere però con i territori dei comuni vicini di Militello e Lentini, Roccazzo, o quella in contrada Passanatello, risalente all'età del bronzo: in quel luogo il famoso archeologo Luigi Bernabò Brea dedicò degli studi. Le origini di Francofonte vengono individuate nell'antichissima città siceliota di Hydra, di cui parla Tolomeo, come posta tra Sergention e Leontinoi. Dopo arrivarono i Romani che tolsero ai Greci tutti i loro possedimenti in Sicilia, compresa l'intera zona sud orientale comprendente anche i territori di Francofonte. Dopo il crollo dell'Impero Romano d'Occidente, nel territorio si insediarono gli ostrogoti prima e poi popolazioni bizantine, che evangelizzarono del tutto la popolazione locale e costituirono in molte cavità naturali tanti piccoli oratori rupestri, molti dei quali ancora visitabili. Nell'827 iniziò l'invasione degli Arabi da sud, che dopo decenni di lotte con i Bizantini, arrivarono anche in Sicilia orientale (conquistando Siracusa nell'878 e i dintorni di Catania nel 902 circa) e si stanziarono sul colle dove ora sorge Francofonte, chiamandolo probabilmente "Ayn Sindi" (che dovrebbe significare appunto "fonte franco"). Dobbiamo giungere al sec. XIII per trovare qualche notizia concreta sul casale ed il castello di Cadrà, e solo nella metà del XIV appare il nome di Francofonte che C. Avolio, vera autorità in fatto di toponomastica, ritiene di stampo francese. Ed è anche da rilevare come il censimento di re Martino I di Sicilia del 1408 menzioni la "Yadra de Franchefontis" dove si ravvisa il connubio dell'antico misterioso nome con quello novellamente adottato. Questo casale è stato costruito intorno al 1360 da un famoso nobile dell'epoca, Artale Alagona in seguito ad alcuni avvenimenti di natura militare, in particolare a seguito della rivalità tra la stessa famiglia Alagona (conti di Mistretta), e alla famiglia Chiaramonte (a loro volta conti di Modica), che conquistarono parte della zona a sud di Catania e alcuni territori vicino Lentini, minacciando i possedimenti degli Alagona. Infatti attorno alla propria residenza, gli Alagona fecero costruire un forte chiamato "Fortalicium Francofontis" dentro cui iniziò a prendere forma l'odierna Francofonte. La città poi passò nel 1394 al Barone Berengario Cruyllas. Nel 1565 il paese diventa un marchesato con Girolamo Gravina-Cruyllas. Nel XVI secolo, sotto la dominazione della famiglia Cruyllas, Francofonte divenne uno dei centri più potenti di tutta la Sicilia sud orientale e dell'intero "Val Di Noto" mantenendo così una certa prosperità per un lungo periodo di tempo, finché l'11 gennaio 1693 avvenne il tragico terremoto che distrusse gran parte dei centri abitati siciliani seminando distruzione e morte anche a Francofonte cancellando l'antica e potente città medievale ma lasciando miracolosamente in piedi numerose rovine medievali (tra le quali il possente Castello), Nel 1700 il Principe di Palagonia (CT) Ferdinando Francesco Gravina fece iniziare la ricostruzione di Francofonte. Vennero ricostruiti tutti gli edifici civici e sacri secondo lo stile barocco molto utilizzato in quell'epoca, mentre quelli medievali, rimasti in piedi ma molto danneggiati, vennero modellati sempre secondo lo stile barocco dando vita ed edifici interessanti. Nel frattempo la popolazione aumentò a vista d'occhio grazie al ritrovato sviluppo economico - sociale della città. Durante il XIX secolo Francofonte divenne un principale centro economico grazie all'attività agricola che veniva condotta nelle campagne, ma furono molte le rivolte contro i Borboni per ottenere l'indipendenza. Dal 1890, alcuni anni dopo l'annessione della Sicilia al Regno d'Italia, venne introdotta la coltivazione dell'arancio "Tarocco" a polpa rossa; inizialmente i risultati commerciali non erano molto incoraggianti ma col passare del tempo questo frutto è stato apprezzato sia in Italia, sia nel resto dell'Europa. | 
