L’antica Alontion greca, divenne Haluntium con i Romani per essere Demenna con i Bizantini, San Marco con i Normanni e nel 1867 prese il definitivo nome di San Marco d’Alunzio. Secondo la leggenda tramandataci da Dionigi d’Alicarnasso, l’antica Alwntion fu fondata da Patron dei Thuri che, dopo l’incendio di Troia peregrinando nel Mediterraneo, si spinse insieme ad Enea fin sulle coste settentrionali della Sicilia e vedendo questo colle decise di fondarvi una colonia. Sulle origini di San Marco d’Alunzio non si hanno notizie certe ma, senza alcun dubbio, alla San Marco preesisteva la bizantina Demenna, a questa la romana Haluntium ed ancora la greca Alwntion; è probabile comunque, che la sua popolazione discenda dai sicani e che la sua fondazione risalga al periodo compreso tra la fine dell’età del bronzo e l’inizio dell’età del ferro.
Alwntion infatti, fu città sicana sia per cultura, che per la sua caratteristica ubicazione: nel IV sec. a.C., già ellenizzata, emetteva monete in bronzo con l’iscrizione in caratteri greci e possedeva nuclei di milizia armata.
Con l’arrivo dei Romani in Sicilia, Alwntion prese il nome di Haluntium e divenne prima città decumana, costretta a pagare un tributo su frumento, orzo, olio e vino prodotti nel suo territorio poi, all’epoca di Augusto, fu Municipium Aluntinorum e dotata di un acquedotto; una cinta muraria in struttura isodoma proteggeva la città alla quale si poteva accedere attraverso quattro porte urbiche.
Di questo periodo ci sono pervenute monete in bronzo, numerose iscrizioni in latino ed un piedistallo in marmo rosso attualmente custodito nel Museo delle Arti Bizantine e Normanne, su cui risultano incise le impronte di una statua, probabilmente quella di Augusto.
Come testimonia Cicerone nelle Verrine, la città di Haluntium, durante la lotta ai pirati, subì la tirannia di Verre che costrinse gli abitanti a portargli fino al mare tutto l’argento cesellato ed il vasellame presente nella città.La produzione di olio e vino pregiati giustifica la formazione di una flotta necessaria sia per la difesa del suo territorio, che per l’esportazione di tali prodotti facendo presumere che la città svolgesse un’intensa attività commerciale.
Nell’età tardo-antica, per la città di Haluntium iniziò un periodo di decadenza dovuto, molto probabilmente, ai terribili terremoti che interessarono la Sicilia ed alle invasioni barbariche. Nel VI secolo d.C. i Lacedemoniti, lasciata la Grecia, si rifugiarono in Alunzio, cambiarono il loro nome in Demeniti e la città divenne Demenna.
Con i Bizantini Demenna vive un periodo di splendore e prosperità divenendo il Centro principale di tutto il Val Demone sia dal punto di vista culturale che religioso.
Sono tante infatti le chiese risalenti a questo periodo decorate da affreschi di notevole valore che, restaurati, sono oggi custoditi nel Museo delle Arti Figurative Bizantine e Normanne.
Anche gli Arabi furono più volte fermati dai Demeniti ma alla fine, riuscirono ad espugnare la città e vi costruirono una Moschea nei pressi della Matrice.
Con gli Arabi, l’agricoltura ebbe un benefico influsso perché furono migliorati i sistemi di irrigazione, venne introdotta la coltura di gelso e cotone e furono incrementati i commerci. Ad Alunzio, il periodo medievale inizia nel 1061 quando i Normanni occupano il suo territorio, lo ribattezzano San Marco e Roberto il Guiscardo vi fa costruire un grande castello ben difeso e fortificato.
Esso, a guardia del quale viene posto Guglielmo de Male, viene infatti eretto sulla cima del monte Rotondo in una posizione strategica tale da permettere il controllo della costa tirrenica da Cefalù a Capo d’Orlando e fino alle isole Eolie.
Questo castello, ai piedi del quale si sviluppa l’abitato, dal 1090 al 1112, diviene la residenza degli Hauteville, in modo particolare di Adelasia, madre e reggente di Ruggero II, ma è anche un luogo sicuro tanto che in seguito, vi si rinchiudono i cospiratori più importanti della congiura contro il cancelliere Stefano de Pérche.
A partire dal 1081 San Marco pur passando sotto la giurisdizione del Conte Ruggero, non diviene feudo ma resta alle dipendenze del Regio Demanio; alla fine del XIII secolo San Marco passa a Garcia Sancio de Esur.
Nel corso del XIII e del XIV secolo, vi coesistono una fiorente comunità ebraica composta da 350 anime, un nucleo latino ed uno greco.
Intorno al 1320 re Federico concede San Marco al fratello Sancio d’Aragona e dopo alterne vicende, il 2 settembre del 1398, re Martino la concede ad Abbo Filingeri, figlio di Riccardello signore di Licodia e Montemaggiore che in tal modo viene ricompensato dal re Martino per i servigi resigli fin dal 1392.
Nel 1396 Abbo viene armato cavaliere, nel 1397 è Alcade di Cefalù e nel 1398 ottiene San Marco in cambio di Isnello che aveva avuto in concessione l’anno precedente.
Nel 1453 re Alfonso nomina Riccardo Filingeri Conte di San Marco.
Le necropoli finora note a S. Marco d’Alunzio risalgono al periodo compreso tra la fine del IV secolo a.C. agli inizi del II ed occupano due vaste aree una in via Cappuccini e l’altra in contrada S. Marina.
La prima occupava quella che, in origine era una collinetta circolare, tronco-conica, prima inglobata nel giardino del Convento dei Frati Minori Cappuccini.
Negli anni 1978 e 1979 esplorando un lembo di questa necropoli, vennero scavate 47 sepolture, databili tra la fine del IV e il II secolo a.C. tutte con orientamento N-S; le inumazioni erano sovrapposte l’una all’altra, quasi sempre prive di copertura. In una di questa tombe priva di corredo vascolare, è stato rinvenuto uno strumento musicale a corde, il trigonon, di cui restano labili tracce, mentre in un’altra, risalente alla metà del III secolo a.C., per la prima volta in Sicilia, è stato rinvenuto uno strumento ludico il kòttabos. | 
