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     La fondazione del centro abitato risale all'anno 1000 e fu dovuta, probabilmente, agli Arabi; ne è prova il fatto che alcuni nomi di contrade come Favara, Cuba, Giarrizza, hanno chiara etimologia araba.]

     Il casale continuò ad essere abitato anche dopo la cacciata degli Arabi e, durante la dominazione angioina, fu eretta la chiesa di San Michele Arcangelo detta anche "Fanum Gallorum", Tempio dei Francesi.

     Il più antico documento sinora conosciuto riguardante il feudo della Ganzaria è un atto del 1276 che attesta il possesso del feudo da parte di Guglielmo De Padula. Gli succedette Attardo De Padula e, a questi, il genero Guglielmotto de La Timonia. Indi il feudo venne quindi confiscato avendo partecipato alla ribellione di Caltagirone del 1394 contro il re Martino I e, successivamente concesso, presumibilmente attorno al 1395, a Ranieri Morana. In seguito passò nelle mani della potente famiglia dei Modica di Caltagirone e quindi ad Antonio Gravina, figlio primogenito di Agata Modica e Vassallo Gravina Speciale, detto "il Bellicoso", capitano negli eserciti di Carlo V.

     Alla fine del XVI secolo il casale era andato distrutto da un incendio e il paese venne ricostruito da Antonio Gravina con la stipula dei Capitoli datata 25 settembre del 1534. I Capitoli vennero confermati nel 1554 dal viceré Ferdinando De Vega; con essi il barone Antonio Gravina assegnava, ad un piccolo gruppo successivamente trasferitosi, i "tuctu lu feudu di Sanctu Micheli e tucta la Sausetta Soprana". Antonio Gravina morì nel 1558 e venne sepolto nella capella annessa al castello baronale in seguito conosciuta come chiesa del Carmine andata distrutta poi nel secondo dopoguerra. La baronia venne successivamente elevata a ducato nel 1625 per concessione del re Filippo IV di Spagna.

     Dopo l'abolizione della feudalità, San Michele di Ganzaria divenne comune nel 1812. Nel 1832 fu visitato dai reali di Napoli, Ferdinando II delle Due Sicilie e Maria Teresa d'Austria che lasciarono in dono 100 monete d'oro affinché venisse rifatto il pavimento della chiesa madre.