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     Il territorio di Zafferana Etnea era attraversato, fin dal tempo dell'occupazione romana, da un importante asse viario che collegava la città di Tauromenium a quella di Katane, costituendo un percorso alternativo alla via Consolare Valeria che costeggiava il litorale jonico. Questa strada pedemontana consentiva lo spostamento dei soldati romani al riparo dagli attacchi nemici e permetteva di raggiungere i boschi etnei, la cui legna veniva utilizzata per la costruzione delle navi.

     A tal proposito, il celebre antropologo palermitano Giuseppe Pitrè, nella sua Biblioteca delle tradizioni popolari, cita Zafferana come luogo di passaggio dei tre santi Alfio, Filadelfo e Cirino, condotti dal preside Tertullo da Tauromenium a Leontini per esservi martirizzati il 10 maggio 253. Secondo alcune fonti in quel caso un'eruzione dell'Etna aveva reso impraticabile la strada costiera (via Valeria), costringendo la legione e i condannati a servirsi della strada etnea.

     Una piccola parte di questa antica strada lastricata, in seguito riadattata a mulattiera e utilizzata fino agli inizi del secolo scorso, è ancora visibile presso la contrada Dagalone. Altra testimonianza della presenza dei romani nel territorio è rappresentata dal ritrovamento di alcune monete romane.

     A causa delle eruzioni dell'Etna e dei terremoti che più volte devastarono la zona, non si hanno altri reperti storici anteriori al sisma del Val di Noto del 1693.

     La storia dell'abitato attuale ha origine con la fondazione del Priorato di San Giacomo, un monastero benedettino costruito nel Medioevo e di cui si hanno notizie certe a partire dal 1387 in un documento firmato dal Vescovo di Catania Simone del Pozzo. Da una bolla papale firmata da Papa Eugenio IV nel 1443 si apprende dell'esistenza di un'annessa chiesa dedicata a san Giacomo, sacramentale e parrocchiale, il che fa presumere che fosse frequentata da un primo nucleo di abitanti sorto attorno al monastero, oltre che dai numerosi pellegrini che accorrevano nel giorno della festa del santo, il 25 luglio. La vita monastica nel Priorato finì nel 1464, ma la chiesa rimase aperta al culto fino almeno al 1677, venendo poi probabilmente distrutta, insieme all'intero complesso, dal terribile terremoto del 1693. Il Priorato si trovava all'inizio della svasatura della Valle San Giacomo, a monte dell'odierno abitato.

     Alcuni studiosi agiografi sostengono che un primo piccolo monastero in territorio zafferanese fosse stato istituito da san Sabino (m. 15 ottobre 760), vescovo di Catania, che lasciò la gestione della diocesi per ritirarsi in un luogo pacifico insieme ai suoi discepoli. Questo fatto non è sostenuto da fonti certe, ed è azzardato ipotizzare che il Priorato di san Giacomo sia sorto in seguito sull'originario Monastero di san Sabino.

     Il primo toponimo che si riscontra nella storia di Zafferana è “Cella”, che indicava lo stesso territorio di San Giacomo, dove era ubicato il priorato. In un documento del 1694, invece, compare per la prima volta il toponimo “Zafarana” che darà poi il nome al paese. Le terre della contrada Zafarana dipesero amministrativamente dai comuni di Trecastagni, Viagrande ed Aci Sant'Antonio fino al 1826, mentre dal punto di vista religioso la chiesa del borgo (chiesa della Madonna della Provvidenza), costruita agli inizi del Settecento, fu vincolata all'Arcipretura Parrocchiale "S. Nicola di Bari" di Trecastagni fino alla costituzione della parrocchia (1753).

     Il 21 settembre 1826 un decreto di Francesco I, dispose che i quartieri Zafarana Etnea, Sarro, Rocca d'Api, Bongiardo e Pisano formassero, distaccandosi dai comuni di Trecastagni, Viagrande ed Aci SS. Antonio e Filippo, un nuovo comune col nome di Zafarana Etnea, poi Zafferana Etnea. A questo nuovo Comune si unirono in seguito le altre frazioni di Fleri (1851) e Petrulli (1951) mentre la frazione Bongiardo passò, nel 1934, al neo-costituito comune di Santa Venerina.